PhenoPixel 是一个面向显微镜 ND2 图像数据的单细胞提取、标注复核和批量表型分析工具。它可以从 ND2 文件中提取细胞轮廓和单细胞图像，生成 SQLite 数据库，并在数据库基础上进行人工标注、细胞形态统计、荧光强度分析、热图生成和 CSV/JSON 数据导出。 ## 适用场景 - 从 Nikon ND2 显微图像中提取单细胞。 - 复核自动识别结果，去除碎片、重叠细胞或非目标对象。 - 给细胞打标签，例如将有效单细胞标为 `Label 1`。 - 按标签批量计算细胞长度、面积、荧光强度、聚集比例、热图和分布图。 - 管理实验数据库，并下载 `.db` 文件用于备份或后续分析。 - 上传 CSV 数据，通过 Graph Engine 生成图表。 首次打开后会看到 Dashboard。右侧模块入口包括： - `Cell Extraction`：进入 ND2 文件和细胞提取流程。 - `Database Console`：管理已生成的细胞数据库。 - `File Manager`：管理应用内部文件。 - `Graph Engine`：上传 CSV 并生成图表。 - `Documentation`：查看应用文档。 ## 测试文件链接 以下链接可用于测试上传、ND2 预览、细胞提取和数据库分析流程。建议先使用较小文件验证流程，再使用较大的多通道文件测试荧光相关功能。 ### 已验证样例 - `MeOh_high_fluo_003.nd2`：约 13 MB，单通道 PH 样例，适合快速测试上传、ND2 Parser、Cell Extraction、Annotation、Cell length/area 等基础流程。 - 下载链接：https://downloads.openmicroscopy.org/images/ND2/aryeh/MeOh_high_fluo_003.nd2 - `MeOh_high_fluo_011.nd2`：约 13 MB，同系列时间序列样例，可用于对比测试。 - 下载链接：https://downloads.openmicroscopy.org/images/ND2/aryeh/MeOh_high_fluo_011.nd2 ### 轻量兼容性测试 - `BF007.nd2`：约 270 KB，非常小，适合快速验证 ND2 上传和解析功能；不一定适合完整细胞提取分析。 - 下载链接：https://downloads.openmicroscopy.org/images/ND2/maxime/BF007.nd2 ## 推荐完整工作流 ### 1. 上传 ND2 文件 1. 在 Dashboard 点击 `Cell Extraction`，或进入 `ND2 Files` 页面。 2. 点击 `Upload ND2`。 3. 在弹出的文件选择器中选择： - `从本地打开`：从当前电脑上传。 - `从懒猫网盘打开`：从懒猫网盘选择文件。 4. 上传完成后，文件会出现在 ND2 文件列表中。 注意：ND2 文件通常较大，上传和解析需要等待一段时间。 ### 2. 预览 ND2 文件 1. 在 ND2 文件列表中找到目标文件。 2. 点击 `ND2 viewer` 或进入 `ND2 Parser`。 3. 点击 `Parse ND2` 解析文件。 4. 使用 `Previous` / `Next` 查看不同帧。 5. 如果文件有多个通道，会显示对应通道预览；如果是单通道文件，只会显示已有通道。 例如 `MeOh_high_fluo_003.nd2` 是单通道样例，只包含 PH 图像，没有 FLUO1/FLUO2。 ### 3. 提取细胞 1. 从 ND2 文件列表进入 `Cell Extraction`。 2. 确认 `ND2 filename` 是否正确。 3. 选择提取模式： - `Single`：普通单数据库提取。 - 其他模式用于特定批处理或拆分需求，按实验设计选择。 4. 设置主要参数： - `Objective`：物镜倍率配置。 - `Param1`：轮廓识别参数，影响 Canny/轮廓提取结果。 - `Image Size`：单细胞裁剪图像大小。 - `Auto Annotation`：是否自动把疑似有效细胞标为 `Label 1`。 5. 点击 `Extract Cells`。 6. 等待任务完成后，系统会生成 `.db` 数据库。 如果提取结果太少、轮廓偏移或把杂质识别为细胞，需要调整参数后重新提取。